Въпреки това Че не симпатизира на СССР, смятайки за предателство изтеглянето на ядрените ракети от Куба, което се е извършило, без Хрушчов да се консултира с Кастро. Това от своя страна води до неодобрението на СССР към Че Гевара. Съветските ръководители не харесват симпатиите на Че към китайския комунистически модел.

Именно съветското неодобрение се сочи като една от възможните причини за внезапното изчезване на Че Гевара от политическия живот на Куба през 1965. Никой не знаел къде се намира и това било много странно, имайки предвид, че Ернесто се смятал за втория човек в държавата след Кастро.

В продължение на две години никой не знаел къде е Че и какво прави. Имало много слухове и в Куба, и извън нея, включително съществували догадки, че той е мъртъв. Притиснат от положението, Кастро обявил, че е получил писмо от него и че Гевара е жив и здрав. В писмото Че пише, че иска да се посвети на революцията в други страни по света.

Той оглавява нелегалната борба срещу правителството в Конго, която обаче е неуспешна.

След това Че живее в Европа под прикритието на нова самоличност, изработена за него от кубинското разузнаване. Връща се в Латинска Америка, отново с цел революция. Този път в Боливия.

Там Че застава начело на армия, чиято цел отново е да свали правителството. Както винаги, тактиката му е т. нар. „герила” – борба на малки отряди срещу официалната и по-трудно подвижна армия. Боливийският президент Бариентос, проамерикански и антикомунистически настроен, започнал да преследва Че и хората му, заявявайки, че иска главата на Ернесто, набучена на кол, в центъра на Ла Пас, столицата на Боливия. Сведенията за това време са, че въпреки насилието на въоръжената борба, Че оказвал медицинска помощ на пленените боливийски войници.

Въоръжената борба в Боливия...